猪肺炎支原体感染不同于一般的继发细菌感染，所以仅仅通过药物防控是不够的。第九版《猪病学》写道，“针对猪肺炎支原体的抗生素能够控制疾病的发展，但并不能去除呼吸道或痊愈的器官中的病原体，且停药后猪支原体肺炎会再出现”。

原因是：

第一，许多针对猪肺炎支原体的常规抗生素为抑菌剂而不是杀菌剂。

第二，许多抗生素到达呼吸道中的黏性分泌液中时的抗菌活性有限。

第三，猪肺炎支原体没有细胞壁，严重影响那些通过干扰病原体细胞壁合成来发挥抗菌作用的抗生素的效果。

第四，混合感染尤其病毒性免疫抑制病的参与严重干扰了抗生素临床效果。

第五，耐药性的问题，影响了抗生素的选择和使用效果。

第六，控制猪肺炎支原体，用药时机很难把握。

持续性给药是不科学的，也是不现实的，轮换、脉冲式给药，在过去猪肺炎支原体的控制方面作出较大贡献，有效疫苗的出现，暴露出药物应用的局限性，疫苗免疫一次（单针疫苗）或两次，几乎能保护猪只终生不发生支原体肺炎。

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