呼吸系统感染性疾病是由细菌、病毒、支原体、真菌和寄生虫等多种微生物引起的感染性疾病，是临床常见病和多发病。

一、呼吸道病原学检测标本的采集方法病原学检测标本的采集方法可分为非侵入性和侵入性，非侵入性创伤小，易于接受，但容易受到上呼吸道定植菌群的污染；侵入性为有创性操作，从生理状态下“相对无菌”的部位取材，对诊断意义更大，其中组织活检标本是诊断肺部感染性疾病的金标准。应根据患者的临床情况选择最有效的采集方法，首先选择非侵入性方法（无创或微创检查），在非侵入性方法不能确诊时，在高度疑诊的情况下选择有创检查方法。呼吸道病原学标本的采集方法见表1

二、标本的运送、储存与预处理

1.标本运送和储存原则：（1）标本标签准确且申请单信息完整，应将标签贴在容器上，而非容器盖上；（2）严格无菌操作；（3）尽快送检标本，应在采样后2h内送达实验室，样本量少的标本应于30min内送检，避免标本干涸；（4）对一些特定的病原体，应选择合适的方法对标本进行保存和运送，并及时进行检测。不同病原体检测标本的采集和转运原则见表2，不同类型标本采集量、保存和转运时间见表3。

2.针对不同病原体的检测方法：标本采集后应及时进行质量控制，合格的标本应尽可能短期内送检。某些特殊病原体标本的转运、保存和检测方法见表4。

三、呼吸道病原检测方法的优缺点

不同检验方法的优缺点见表5。

四、病原检测结果的判读及其临床价值病原学检查结果对临床治疗策略的选择具有指导意义，阴性结果有助于判断是否停用抗菌药物。

（一）直接抗原快速检测胶体金法病毒抗原快速检测方法简便、快速、成本低，与实时逆转录PCR比较，流感病毒抗原快速检测的敏感度为48.9%~59.8%，特异度为99.2%~99.7%；呼吸道合胞病毒抗原快速检测的敏感度为90%，特异度为98.8%，提示病毒抗原快速检测的特异性较好，但存在敏感度低、假阴性率较高的问题，这与鼻咽拭子标本病毒含量不稳定以及胶体金方法的敏感度较低有关。故当临床高度怀疑为病毒感染，但病毒快速检测结果为阴性时，应加做病毒核酸检测，以排查假阴性。除病毒外，抗原快速检测还可用于对真菌抗原（1，3‐β‐D‐葡聚糖试验、半乳甘露聚糖试验）、细菌抗原（尿肺炎链球菌抗原）和非典型致病原抗原（尿嗜肺军团菌抗原）等的检测。和抗体检测不同，抗原检测不受机体免疫状态的影响，但可能与药物和治疗方案有关，出现假阳性和假阴性结果，在临床工作中应结合患者的实际情况进行仔细分析。

（二）血清特异性抗体检测某些致病的病原体在培养时所需条件高，生长周期长，阳性检出率低，检测特异性抗体在一定程度上可弥补这些不足。流感病毒、腺病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、嗜肺军团菌、肺炎支原体、肺炎衣原体和结核分枝杆菌等病原体均有商用的抗体检测试剂盒。对新型冠状病毒肺炎患者的检测也发现，在感染后3~5d即可检测到病毒特异性IgM，而IgG抗体滴度在恢复期较急性期有4倍以上升高。检测这些病原抗体具有速度快、特异度较高的特点，适合在门诊、医院用于病原体的筛查。但由于早期阳性率较低，需要采集急性期及恢复期双份血清进行检测和效果评价，但体液免疫缺陷的患者可呈假阴性。

（三）涂片所获取的各种标本均应行病原学涂片检查。非侵入性检查获得的标本必须为合格标本，不合格标本常存在上呼吸道定植菌污染。在结果判读时，需要结合患者的临床症状和影像学表现，排除操作过程或环境污染的可能。BALF离心沉淀后行六胺银染色、抗酸染色和革兰染色可分别用来检测肺孢子菌、分枝杆菌和部分细菌等。肺穿刺标本和胸腔积液涂片发现病原体对确诊具有重要意义。

（五）核酸分子扩增检测和基因芯片检测

（六）16SrRNA基因测序和宏基因组测序

量定性或定量检测方法，将具有广阔的应用前景。